Pusat Kesehatan TNI Angkatan Laut yang selanjutnya disebut Puskesal, adalah Badan Pelaksana Pusat TNI Angkatan Laut yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kasal. 

Puskesal bertugas menyelenggarakan pembinaan kesehatan TNI Angkatan Laut yang meliputi perencanaan bidang kesehatan, kesehatan matra laut, kesehatan preventif, pelayanan kesehatan, fasilitas kesehatan, materiel kesehatan dan sumber daya tenaga kesehatan dalam rangka mendukung tugas TNI Angkatan Laut.

Dalam rangka pelaksanaan tugas, Puskesal menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

a.   Fungsi Utama, merupakan tugas utama dari Puskesal terbagi dalam:

1.       Direktorat Perencanaan dan Anggaran, meliputi segala usaha, pekerjaan dan kegiatan terkait penyelenggaraan administrasi perencanaan, penyusunan, pengendalian, pengawasan dan evaluasi pelaksanaan program kerja dan anggaran satker Puskesal, pembinaan organisasi serta penatausahaan Barang Milik Negara (BMN) lingkup satker Puskesal dalam rangka pengendalian internal;

2.       Direktorat Kesehatan Matra Laut, meliputi segala usaha, pekerjaan dan kegiatan teknis yang berkaitan dengan pembinaan kesehatan matra, kesehatan kelautan dan bawah air di lingkungan TNI Angkatan Laut serta dukungan bidang kesehatan matra laut dalam rangka mendukung pelaksanaan tugas pokok TNI Angkatan Laut.

3.       Direktorat Kesehatan Preventif, meliputi segala usaha, pekerjaan dan kegiatan yang berkaitan dengan pembinaan kesehatan preventif yang meliputi pencegahan pemberantasan penyakit menular dan tidak menular (P3MTM), Promosi kesehatan dan keluarga berencana (promkes dan KKB) serta keselamatan kesehatan kerja dan pengelolaan lingkungan (K3PL).

4.       Direktorat Pelayanan Kesehatan, meliputi segala usaha, pekerjaan dan kegiatan yang berkaitan dengan pembinaan pelayanan kesehatan guna mendukung pelaksanaan kegiatan pelayanan kesehatan yang bermutu di faskes jajaran TNI Angkatan Laut dalam rangka mewujudkan personel dan keluarga TNI Angkatan Laut yang sehat.

5.       Direktorat Personalia, meliputi segala usaha, pekerjaan dan kegiatan yang berkaitan dengan pembinaan personel dan administrasi personel kesehatan TNI Angkatan Laut dalam rangka mendukung pengawakan organisasi kesehatan di lingkungan TNI Angkatan Laut

6.       Direktorat Materiel dan Fasilitas Kesehatan,  meliputi segala usaha, pekerjaan dan kegiatan yang berkaitan dengan pembinaan dan pengembangan materiel dan fasilitas kesehatan di lingkungan TNI Angkatan Laut.

b.  Fungsi Organik Militer :

1.       perencanaan, yaitu menyelenggarakan perencanaan dan pengendalian anggaran di lingkungan Puskesal;

2.       pengamanan, yaitu menyelenggarakan pengamanan   satuan, personel, materiel, pemberitaan dan kegiatan;

3.       latihan, yaitu menyelenggarakan pemeliharaan dan peningkatan kemampuan teknis medis, melalui kegiatan latihan kesehatan dalam satuan di lingkungan satuan kesehatan TNI Angkatan Laut;

4.       personalia, yaitu penyelenggara fungsi adminstrasi  pembinaan personel kesehatan yang meliputi penyediaan, pengembangan, penggunaan, perawatan, dan pemisahan; dan

5.       logistik, yaitu menyelenggarakan pembinaan logistik kesehatan pada tingkat faskes atau satkes yang meliputi pembekalan, pemeliharaan, perawatan dan pengembangan.

c.         Fungsi Organik Pembinaan, meliputi segala usaha, pekerjaan dan kegiatan tentang pengendalian fungsi manajemen dalam perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan, pengendalian dan pengawasan pada lingkup tugas dan fungsi Puskesal.